Ich glaube, der Begriff „Open-Source“ wird gedanklich noch zu sehr mit „kostenfrei“ verknüpft. Und das wiederum birgt die Gefahr, sich in der Startphase eines Onlineshop-Projektes nicht intensiv genug mit Zielen und Strategien zu beschäftigen (denn es ist ja alles umsonst).
Kommt ein Shop dann ins Laufen, wird der Betreiber immer wieder auf einzelne, nicht vorhergesehene Anforderungen reagieren müssen. Zeit- und kostenbedingt kann das langfristig „nicht vorhergesehen“ teuer werden. Bei Anbietern von kommerzieller Shop-Software wird eine Berücksichtigung und Anpassung an individuelle Anforderungen meistens vorausgesetzt (wie z.B. die oben von Michael Lalk genannten Anbieter) – man zahlt ja schließlich.